Vừa lên ngôi Giáo hoàng, Giáo hoàng Jules III đã điều đình với hoàng đế Carlos để tái lập công đồng. Ngày 1.5.1551, Giáo hoàng Jules III tái nhóm họp Công đồng Chung Trent từ 1551-52, ông tiếp tục phi bác giáo thuyết của Luther.

Riêng phiên họp 15 có phái đoàn Tin Lành Đức tham dự. Chiến tranh đã khiến công đồng phải hoãn lại. Vụ ám sát công tước Pierluigi Farnese 10.9.1547 đã tạo nên cuộc chiến tranh gia tộc giữa gia tộc Gonzagua có Carlos đỡ đầu và Ottavio Frarnese được Henri II ủng hộ. Cả miền trung Ý chìm trong khói lửa. Kế đến việc Maurice phản Carlos, đánh chiếm Innsburk và suýt bắt được hoàng đế. Trento bị đe dọa nên trong phiên họp 16 ngày 28.4.1552, đức Jules III ra lệnh đình hoãn công đồng.